Les Elemental Ninjas sont au nombre de 17 et maîtrisent chacun parfaitement un type de Pokémon différent.
Exemple : Elemental Ninja du Feu : possède une équipe uniquement constituée que de Pokémon de type feu.
Le but de ces 17 Ninjas est de préserver l'équilibre naturel de notre monde et de lutter contre ceux qui essayeraient de contrôler le monde à l'aide des Pokémon Légendaires. Leur but est également de retrouver tous les Pokémon Légendaires et de les capturer.